1.局部物理治疗：包括激光、低频超声、化学腐蚀(如：硝酸银)、物理屏障(如：氰基丙烯酸盐粘合剂)。
2.局部抗菌药物：氯己定含漱液、金霉素药膏、庆大霉素贴膜。
3.局部皮质类固醇：氢化可的松或氟轻氢化泼尼松龙(triamcinolone)药膜、倍氯米松含漱液或喷雾剂等。
4.局部止痛剂：苄达明(benzydamine)含漱液或喷雾剂、局部麻醉凝胶、。
5.其他局部抗炎制剂：色甘酸钠(sodium cromoglycate)止咳糖浆、前列腺素E2胶、局部粒细胞一巨噬细胞刺激因子、阿司匹林含漱液、双氯酚酸(diclofenac)、胃溃宁(sucraifate)。
6.全身用药：泼尼松龙(prednisolone)、咪哇硫嘌呤(azathioprine)、左旋咪唑(levamisole)、秋水仙素(colchicine)、贝通(pentoxifylline)、氨苯砜(dapsone)、甲氰咪胍(cimetidine)、转移因子等。
7.部分中药：西瓜霜、蜂胶等。均通过清热祛火治疗口腔溃疡，其中滴丸剂型止痛效果最明显，临床研究表明，首次用药后起效时间最短为3分钟，最长为15分钟，起效时间平均为5.67分钟，即刻缓解自发痛症状的效果良好，5分钟即可缓解。
8.局部治疗：维生素C
9.中医治疗：清疡散是治疗口腔溃疡的中药。清热解毒、引火归元、消炎镇痛之功效。