黄花菜食用有一点必须引起重视。鲜黄花菜中含有秋水仙碱，经过肠胃道的吸收，在体内氧化为“二秋水仙碱”，具有较大的毒性。相比之下，干制黄花菜在制作的过程中经过水蒸气熏蒸、晾晒等工序，能够去除大部分的秋水仙碱，更加安全。
秋水仙碱可溶于水，因此，孕妇如果真想食用鲜黄花菜，应先将鲜黄花菜用开水焯过，鲜黄花菜的有毒成分在高温60℃时可减弱或消失，再用清水浸泡两个小时以上，捞出用水洗净后再进行炒食，这样秋水仙碱就能破坏掉。食用干黄花菜时，也最好在食用前用清水或温水进行多次浸泡。
黄花菜适用于凉拌（应先焯熟）、炒、或做配料等，不宜单独炒食，应配其他食料。
还有以下人群食用需注意：
1、患有皮肤瘙痒症者忌食。
2、黄花菜含粗纤维较多，肠胃病患者慎食。
3、平素痰多，哮喘病孕妇不可食用。
4、疡损伤、胃肠不和的人，以少吃为好。