许多药物在一起应用，或者可以互相抵消或降低各自的疗效，或者能增加各自的不良反应。一般分为2种配伍禁忌。
避免药理性配伍禁忌：很多药物的药理作用是互相对抗的，如中枢神经兴奋剂和中枢抑制剂、升压药与降压药、血管紧张剂与血管扩张剂、泻药与止泻药、扩瞳剂与缩瞳剂、抗凝血剂与止血药等。另外，两种具有槲司作用的药物配伍后往往也会产生不良后果。如阿的平与伯氨喹啉同为抗疟原虫药物，但两者配伍后，前者使后者从血中排除的速率减慢，从而增加其毒性反应。
避免理化性配伍禁忌：药物可有酸性、碱性之分，若不分酸碱随意配伍，会产生不良后果。例如：生物碱盐（或盐酸吗啡）溶液，遇碱性药物，可使生物碱析出；甘草流浸膏遇酸性药物时，所含甘草甙水解生成不溶于水的甘草酸，故有沉淀析出；维生素C溶液与苯巴比妥钠配伍，能使苯巴比妥析出，同时维生素C分解。还有，青霉素与普鲁卡因、异丙嗪、氨乙嗪等配伍，可产生沉淀；去甲基肾上腺素同偏碱性注射液如氨茶碱、谷氨酸钠等配伍，可引起失效。这些都是在酸碱理化性质上的配伍禁忌。