药物都有毒性，新生儿的解毒功能较弱。儿科医生一般会根据新生儿的体重决定用药量。否则用少了不起作用，用多了则易造成中毒。
新生儿的皮肤发育尚不完全，许多外用药容易穿透皮肤，特别是皮肤黏膜有创伤或发生炎症时，其吸收药量更加迅速。所以要警惕新生儿因使用外用药过量后发生中毒。如使用新霉素软膏过量会引起耳聋；使用皮质激素软膏过量会发生全身浮肿；使用硼酸软膏过量能引起呕吐、红斑、惊厥、肾损害；使用水杨酸软膏过量会引起呕吐、呼吸急促、嗜睡；用酒精溶液湿敷会引起嗜睡、呼吸困难；使用薄荷脑擦洗能引起呼吸困难、嘴唇发紫；使用红药水过量会引起汞中毒等。
新生儿的皮肤、耳、鼻、眼、口腔、肛门等部位需要使用外用药时，不论是水剂、软膏，还是乳膏或粉剂，均应严格控制使用药物的浓度、计量、使用面积和涂抹的次数等。同时，在用药过程中还应密切观察，防止由于皮肤或黏膜吸收过多的药物而发生中毒。