1、婴幼儿的消化系统发育尚不完全
这个阶段的宝宝身体免疫系统较弱，轻微的干扰和变化就能引起身体的不适，而婴幼儿的消化道发育不完善，体内酶的活性低，对处于生长、发育阶段的宝宝来说，消化负担就显略重。此外，婴幼儿在体液分布方面和成人也有着差异，细胞外液含量更高，身体自我调节能力差，精神内分泌系统调节功能也差，都易导致消化不良。
2、婴幼儿的饮食不规律或选择不适当
饮食不当往往是导致消化不良、腹泻的导火线。不定时喂奶，宝宝吃得过撑或过少，断奶期食物营养量过高，一些奶粉不易被宝宝肠胃消化，或是宝宝过早食用含大量淀粉和脂肪的食物，都会破坏本就不完善的消化系统。
此外，一些特殊原因也会诱发婴幼儿肠胃不适：天气突然变化，腹部受凉使肠蠕动增加;过度哭闹、情绪紧张或情绪低落;滥用抗生素，使胃肠道内菌群失调等均可能减弱胃肠道消化吸收能力，出现消化不良。