患有小儿两性畸形的患者，不仅要面对疾病上的压力，更多的是要面对心理上的压力。所以，患者都想要通过治疗让自己恢复正常。那么，小儿两性畸形的治疗应该怎么进行呢？实际上，对于不同类型的小儿两性畸形，治疗的方法也不尽相同。
如果一旦确诊是XY单纯性腺发育不良，应该立即切除性腺及发育不良的子宫，然后用女性激素替代治疗。但是如果性腺已发生恶性变的话，则按恶性肿瘤处理。而如果是睾丸女性化的患者，如过睾丸在腹腔外，可以在青春期发育完善后进行手术切除睾丸，然后行雌激素替代治疗。而如睾丸在腹腔内，则需要在早期切除。
如果是真两性畸形类型的患者，需要进行手术，切除与社会性别不一致的性腺，并且修复外阴与社会性别一致。而如果是雄激素合成不足导致的性别畸形，如社会性别为女性，则需切除睾丸，然后用女性激素替代治疗，同时还要补充肾上腺皮质激素。还有，如果是21及11β羟化酶缺乏症引起女孩男性化时，应该补充肾上腺皮质激素，同时手术切除增大的阴蒂。