先天性巨结肠的症状虽然明显，但是跟很多的病的症状都有相似之处。那么，有人想知道，先天性巨结肠的检查应该是怎么进行的呢？
第一种检查是直肠肌层活检，从直肠壁取肌层活检，能够检测肌间神经节细胞是否缺少，如诊断先天性巨结肠，准确率高达98%，理论上是最可靠的方法，但是存在缺点。
第二种检查是直肠黏膜活检，直肠黏膜活检仅吸取一小块黏膜，利用组织学，组织化学及免疫组织化学等的手段进行检测。组织学检查主要是用HE染色判断神经丛中神经节细胞的有或无，该法简单但是准确率并不高。乙酰胆碱酯酶等组织化学检查方法，需要新鲜组织标本和冷冻切片机等技术条件，而且新生儿期因乙酰胆碱酯酶活性较低，所以会出现假阴性结果。而免疫组织化学方法准确性高，但是试剂过于昂贵，所以目前尚不适于做常规诊断方法。
此外，还有直肠肛管测压这一种检测方法，这时是诊断先天性巨结肠的有效方法，具有简便，经济，安全而快速，以及无损伤性，可反复检测等优点。