单纯疱疹是一种很常见的病毒，治疗方法也很简单。常外用3%酞丁胺霜、3%阿昔洛韦眼膏及2%甲紫溶液局部涂搽。如果出现继发感染，就用0.5%新霉素软膏、0.5%金霉素眼膏或莫匹罗星软膏、达维邦乳膏等进行涂搽。除了外用以外，也可口服抗病毒药物治疗，比如如利巴韦林、异丙肌苷、聚肌胞、干扰素等。千万要注意的是，孕妇用药时一定要咨询过医生。
单纯疱疹的治疗分为局部治疗和全身治疗。一般治疗小范围浅表处皮肤黏膜的单纯疱疹病损可仅采用局部用药抗感染治疗，对症状较重，尤其重要脏器受累的患者则应给予全身性抗感染用药及相应的对症支持治疗，肠溶阿司匹林口服可用于皮肤黏膜疱疹部位疼痛显著者，生殖器疱疹患病期间应禁止性生活，对某些患者而言，应与易感人群实行必要的隔离。
抗感染治疗浅表处的疱疹病损可以局部用药，例如3%阿昔洛韦软膏或0.5%碘苷软膏涂搽患部。另外，疑有细菌性感染者，可外用金霉素或新霉素软膏，具有抗疱疹病毒，抗菌消炎，止痛收敛等作用。对病情较重者或局部用药难于奏效者，应采用口服或注射途径进行抗病毒药物的全身性用药。