任何一种避孕药都会有它的副作用，72小时紧急避孕药自然也不例外，常见的副作用有：
恶心：不同的药物发生率不同，其中米非司酮最低，为6%—7%。恶心一般持续不超过24小时。
呕吐：不同的药物发生率不同，左炔诺孕酮约5%，米非司酮约1%。通常认为，与食物同时服用或睡觉前服药可以减少恶心、呕吐的发生率，但无确切的临床资料。
不规则子宫出血：有些妇女用药后会有阴道点滴出血，一般无需处理。
月经改变：多数妇女月经会按时来潮，也有一部分妇女月经提前或延迟。如果月经延迟1周，应该做尿妊娠试验，以明确是否是紧急避孕失败。
其他：乳房胀痛、头痛、头晕、乏力等，这些症状一般较轻微，持续时间不超过24小时。乳房胀痛、头痛严重者可用阿司匹林或其他止痛药对症处理。