虽然长效避孕药使用起来更加简单，不用每日用药，但它的副作也为人们所担心，常见的副作用有：
1、类早孕反应。长效避孕药中的雌激素刺激胃黏膜，可引起食欲不振、恶心、呕吐、乏力、头晕等类似孕早期的反应。但一般不须特殊处理(可口服维生素B6、维生素C等帮助减轻症状)，数日后症状可减轻或消失(症状严重者会持续1-3个星期)。
2、月经改变。服药期间可出现月经减少，甚至闭经。个别漏服的妇女可出现不规则阴道流血。
3、体重增加。避孕药的配方经过不断改进，目前此种不良反应已明显减少。
4、其他，如面部蝴蝶斑、对生殖的影响等。