扁桃体发炎多为链球菌感染，如果采取全身治疗方案，选择抗生素的话，就首选青霉素，但是对于青霉素过敏者可选用红霉素、林可霉素等。如果同时还伴有高热头痛及全身酸痛者可选用阿司匹林等解热镇痛剂。经2—3日治疗后如病情无好转，可以考虑是否是有病毒或其他细菌感染，此时可以改用抗病毒药、敏感抗生京或磺胺类药物，如果严重的话，也可以考虑使用肾上腺皮质激素，如泼尼松、地塞米松等。
如果扁桃体发炎较轻的话，可以吃中成药像双黄连口服液、银黄颗粒等，如果宝宝还出现有发热，可以加服抗病毒类。 也可以吃一些清热解毒的中药。
中药外贴也管用，用生附子15克、细辛15克，生吴茱萸15克、大黄6克。将这些药物研成细末，用适量的米醋调成饼状，然后敷于孩子的双脚涌泉穴，用纱布包扎，胶布固定。每日一次。这种方法可以起到清热解毒，有利于咽喉。