鱼腥草常用于中药汤剂、民间食疗，但此前屡屡发生的鱼腥草注射液不良反应，使人怀疑鱼腥草是否存在副作用。其实，鱼腥草仍可入汤剂或食用，其口服制剂也较为安全，仍可根据病情需要合理使用。但过敏性体质、老人、小孩、重病人、输血过敏以及本身对中成药(如清开灵、白蛋白)存在过敏的人，注射鱼腥草产生不良反应的几率大。所以在打鱼腥草注射液前，应告知医生自己的过敏史，在医生的指导下合理使用。
部分病人注射鱼腥草注射液的过程中，出现过局部红肿、热痛、发烧、眩晕、呕吐、寒战、药物疹等过敏反应，但严重到过敏性休克、血压降低至死亡的还是少见。