剖腹产后遗症有以下三点：
后遗症一：难看的疤痕
有些孕妇会发现，自己第二胎剖腹产的疤痕比第一胎丑多了，这是因为情第二胎的妇女往往掉以轻心，而过度进补，或是因为多次怀孕之后腹部肌肉被撑得松弛无法回复，这些都会造成小腹突出，而增加伤口的张力，疤痕因而特别明显。
后遗症二：影响母子感情
研究结果显示，自然分娩刺激产妇子宫颈和阴道产生荷尔蒙，增强她们对婴儿的情感，对日后成为好母亲至关重要。脑部研究显示，自然分娩时脑部剧烈活动能调节产妇的情绪和日常行为，帮助她们日后成功照顾小孩。而剖腹产采取在产妇腹壁开刀方式，直接把宝宝从子宫取出，改变了母体分娩过程中的“神经和激素体验”，可能使母亲与孩子的亲密程度降低。
后遗症三：剖宫产切口妊娠
容易引起剖宫产切口妊娠。剖宫产切口妊娠就是女性做了剖宫产后，在一两年之内再次怀孕，孕囊容易附着在切口的斑痕里，流产时，容易大出血。如果不想流产，想再生，也不行，会危及胎儿生命。