威灵仙不仅单药使用作用多，而且也经常与其他中药进行配伍，但在配伍时也需要特别注意，否则还会影响到正常的药效。
威灵仙辛散走窜，久服易伤正气，气血虚弱，表虚无汗，无风寒湿邪者以及孕妇慎服。
威灵仙配伍砂仁：威灵仙化骨除鲠，砂仁行气和胃。二者配伍，有化骨和胃之功效。用于治疗诸骨鲠喉伴恶心欲吐而不出者。
威灵仙与苍术、桂枝等配伍，有温经散寒燥湿之功效。用于治疗由寒湿阻滞所致之风湿痹痛，肢体麻木，筋脉拘挛，关节疼痛，屈伸不利等症以下半身为重者。
威灵仙与半夏、皂角等配伍，有豁痰逐饮降逆之功效。用于治疗痰饮停宿胸膈，喘咳呕逆者。