任何一种药物使用在用法用量上都要讲究，而像石菖蒲这样的中药用法用量又更加难以把握了。
内服：煎汤，3-6g，鲜品加倍。或入丸、散。外用：适量，煎水洗。或研末调敷。
①治癫痫：九节菖蒲(去毛焙干)，以木臼杵为细末，不可犯铁器，用黑豮猪心以竹刀批开，砂罐煮汤送下，每日空心服二、三钱。(《医学正传》)
②治少小热风痫，兼失心者：菖蒲(石上一寸九节者)，宣连、车前子、生地黄、苦参、地骨皮各一两。上为末，蜜和丸，如黍米大，每食后服十五丸，不拘早晚，以饭下。忌羊肉、血、饴糖、桃、梅果物。(《普济方》菖蒲丸)
③治痰迷心窍：石菖蒲、生姜。共捣汁灌下。(《梅氏验方新编》)
④治温热、湿温、冬温之邪，窜入心包，神昏谵语，或不语，舌苔焦黑，或笑或痉：连翘三钱(去心)，犀角一钱，川贝母三钱(去心)，鲜石菖蒲一钱。加牛黄至宝丹一颗，去蜡壳化冲。(《时病论》)
⑤治好忘：远志、人参各四分，茯苓二两，菖蒲一两。上四味治下筛，饮服方寸匕，日三。(《千金方》开心散)