治疗肾盂肾炎的方法有很多，比如中医、药物和饮食等等，但是大多数人都会采用抗菌药物来治疗。
如果是肾盂肾炎早期，则需要进行消炎治疗，如点菌必治和盐酸左氧氟沙星胶囊进行输液疗;如果是慢性肾盂肾炎，则需要进行长期系统正规的治疗，进行尿细菌培养和菌落计数检查之后，再参考药物敏感试验的结果来选用最敏感的抗生素。由于致病菌较为顽固，以2--3种抗生素联合应用为佳。
治好之后，如果再次复发，则可根据急性肾盂肾炎的治疗办法来再次进行治疗。
临床症状稳定之后，则可停药观察，每月进行检查，为期半年，若尿中仍有菌，可采用长期低剂量的抑菌治疗，如每天晚上睡觉之前排尿之后可口服单一剂量的抗生素，剂量为每日剂量的1/3--1/2，抗菌药可选择3--4种为一组循环使用。但应该在医生的指导下用药，不应自己擅自用药。