随着技术进步，冷冻卵子虽得以实现，但也存在一定风险。
1、卵巢受过度刺激。促排卵药物易使多卵泡发育导致女性卵巢过度刺激，引发腹水、胸水，严重者需住院治疗。
2、手术存感染风险。取卵手术虽是“微创”小手术，但也有出血、感染的可能性，也可能伤害卵巢功能，危害女性健康。
3、复苏率不高。与胚胎冷冻技术相比还存在差距。目前冷冻胚胎复苏率已达95%以上，而冷冻卵子的复苏率只有70%—80%。
4、对子代影响尚无定论。冷冻过程中使用的冷冻试剂二甲亚砜、乙二醇等化学试剂对卵子、子代是否有潜在影响，并未有明确结论。
冷冻卵子的受孕成功率低。卵子经过冷冻之后会受到一定损害，这自然会造成受孕成功率降低。虽然当今世界有数百名孩子诞生自受精的冷冻卵，但是目前他们都还未成年，他们的未来健康状况如何、冷冻卵会不会给他们造成不良影响等问题，尚需要时间观察。