环境因素影响胚胎、胎儿发育的途径主要是通过母体的呼吸道、消化道及皮肤接触三条途径，使有害环境物质进入母体到达胎儿体内。通常情况下，各种环境因素多是经过环境介质(空气、水、土壤)在日常生活或工作状态下的接触而进入人体，例如污染的空气和水、污染的食物，在特殊地质条件下如低碘、高氟也影响水及农作物。环境污染物通常以低浓度存在，但可经过食物链逐级蓄集而以高浓度进入人体。
不良生活习惯如吸烟、酗酒者则以直接吸入方式摄入有毒物质。
母体感染病毒可传播给胎儿。
职业接触以母亲孕期接触工业化学物质(吸入或皮肤接触)为多见，工业化学毒物浓度往往较生活环境中的浓度为高。职业接触物理因素如噪声、电离辐射也可影响胎儿发育。
药品是典型的直接摄入或接触（注射）进入母体内再作用于胎儿的。