软疣的治疗方法有如下几种： 西医治疗、中医治疗、民间偏方。
另外治疗上最有效的方法是刮去疣体，外搽5%碘酒即可。临床上常用平镊夹破疣体挤出乳酪样物，再搽上碘酒即可，七天左右结痂脱落即痊愈。快捷且疗效可靠。但治疗时病人较痛。涂碘酒因浓度高不可涂到正常皮肤上。
其它治疗法：有肌肉注射抗病毒药物法，但价格较高，效果不如法快捷，也有用液体石炭酸点在疣上，发白即止。等结痂脱落即自愈。对于传染性软疣，可用1%的5-氟尿嘧啶溶液外用，用时以棉签蘸药液少许，直接点于疣体的顶端。70%苯酚酒精局部外用，用吸有药液的小针管，对准皮损逐个点药，点于疣体中央。一般一个疣体点2次即可，10天后皮损可自行脱落。液氮冷冻，用冷冻器将液氮喷于疣体表面，解熔3次即可。一般1周后疣体脱落。99%冰乙酸加入食用面粉中，拌匀成糊状，外涂于疣体。灭菌竹签蘸少许浓来苏水直接点涂软疣表面。较大皮疹，夹出软疣小体再行治疗。10天后复点一次。