目前在医学界，治疗肾囊肿方面还没有特效方法。针对体积较小的肾囊肿，患者在没有肾囊肿的症状的情况下，一般不需要做任何的药物治疗或手术治疗，但患者要前往医院做好定期的复查，检查囊肿是否有继续增大的情况。
针对体积较大的囊肿，如果囊肿同时有恶变的可能，患者就应进行手术探查，根据囊肿的情况进行相应手术治疗。如果患者的一侧肾受到广泛破坏、但另一侧的肾功能是正常的，可以进行肾切除手术。
如果囊肿出现并发感染，患者应在医生的指导下，加强抗菌素治疗。如果有出现恶变为肿瘤的情况，也应根据上述内容，进行相应的手术治疗。