缺乏的最大危害是影响胎儿、新生儿和婴幼儿大脑的发育。人类大脑发育的90％是在胎儿、新生儿和婴幼儿期完成的。这个时期碘和甲状腺激素对脑细胞的发育和增生起着决定性的作用，是一生中补碘的最有效时期。缺碘使一部分人智力发育难以达到最佳水平，可有轻到中度的智力低下。世界上大范围调查显示，补碘后出生的儿童，智商明显高于未补碘的儿童，适量补碘可明显改善儿童的智力发育。
补碘不是什么时候都可能提高智力水平的，只有在胎儿和婴幼儿期补充足够的碘，才能使他们的智力发育得以正常进行，如果错过这个时期补碘，再想提高他们的智商可能性很小。