一般情况下，药物流产最令人担心的是不能保证流产成功，如果超出49天就不建议药流，担心会导致大出血、残留感染等很多流产后遗症的发生。若药流不全的话，需要进一步做清宫手术，这等于是对身体的二次伤害。
药物流产在每个人身上的作用不同，70%-80%的人可以流干净，但有约20%的人流不干净需要刮宫。此外，药物流产还可引起后期的月经不调;药物流产出血时间长，感染的机会也会增加，甚至还可能引起生育绝症———子宫内膜异位症。
以下情形不适合药流：
患有如哮喘、支气管炎、心绞痛、心律失常、心力衰竭、高血压、青光眼与肝肾功能不全、宫外妊娠、溃疡性结肠炎、肾上腺皮质功能不全、长期应用糖皮质类固醇激素以及胰岛素依赖型糖尿病妊娠女性，绝对禁止使用药流。