1、通常认为造成生化妊娠的原因和自然流产的一致，胚胎染色体异常、受精卵有缺陷可能是导致发育停滞主要原因。
2、卵巢黄体功能不全，孕酮分泌不足，子宫内膜异常，影响受精卵着床。
3、子宫因素：子宫发育不良、子宫粘膜下肌瘤、子宫内膜息肉、宫腔粘连、子宫内膜结核等影响受精卵着床。
4、精神过度紧张，尤其是因未孕而严重的焦虑，心理压力过大。
生化妊娠在某种意义上来说是一种优胜劣汰的自然选择。育龄妇女遇到这样的情况不要惊慌，生化妊娠一般不会影响下一次的怀孕。除非多次发生这样的情况，才有必要到医院进行进一步的检查。