目前为止专家都没有办法明确解释恶性葡萄胎发生的原因。曾经有各种原因说法的提出，例如是因为胚胎早期死亡、第二极体内复制学说、营养因素、病毒感染学说等，但这些说法都没有实质的证据能够证明，也有学者认为葡萄胎的发生与染色体异常有关。
不管如何，恶性葡萄胎都是由葡萄胎发展而成的。根据病例的调查和研究发现，恶性葡萄胎的发生和患者的营养状况、社会经济及年龄有关。年龄大于40岁者葡萄胎发生率比年轻妇女高10倍。恶性葡萄胎发生的机会为5%～20%，由葡萄胎恶变成恶性葡萄胎或绒毛膜癌。因为恶性葡萄胎是恶性肿瘤，所以恶性葡萄胎也就是癌症恶性葡萄胎。